У тебя в `make.js` файле ``` ... getBundlesLevels: function() { return [ process.cwd() + '/pages' ]; } ``` при этом нет гарантий, что `bem-make` будет запущен из корня проекта — в `bem-make` есть ключ `-r <PRJ_ROOT>`. Для резолва путей надежнее использовать `Path#resolve() + __dirname` (см. https://github.com/narqo/bem-project-stub/blob/master/.bem/environ.js#L47)