From d5b2d3adca7c65c63a15c9cba56383b03f5dfa10 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: "copilot-swe-agent[bot]" <198982749+Copilot@users.noreply.github.com>
Date: Thu, 25 Dec 2025 03:04:14 +0000
Subject: [PATCH 1/3] Initial plan


From 4c465fd58f973e08df5969f9cdb5b7e4442df926 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: "copilot-swe-agent[bot]" <198982749+Copilot@users.noreply.github.com>
Date: Thu, 25 Dec 2025 03:08:05 +0000
Subject: [PATCH 2/3] Add automatic PR detection and main branch protection

Co-authored-by: zhiyuajun <156592628+zhiyuajun@users.noreply.github.com>
---
 .github/CODEOWNERS                    |  20 +++++
 .github/workflows/main-protection.yml |  32 ++++++++
 BRANCH_PROTECTION.md                  | 103 ++++++++++++++++++++++++++
 EXAMINER_NOTES.md                     |  21 +++++-
 README.md                             |  22 +++++-
 5 files changed, 194 insertions(+), 4 deletions(-)
 create mode 100644 .github/CODEOWNERS
 create mode 100644 .github/workflows/main-protection.yml
 create mode 100644 BRANCH_PROTECTION.md

diff --git a/.github/CODEOWNERS b/.github/CODEOWNERS
new file mode 100644
index 0000000..e9766ad
--- /dev/null
+++ b/.github/CODEOWNERS
@@ -0,0 +1,20 @@
+# CODEOWNERS file for the Python_Git_exam repository
+# 
+# This file defines individuals or teams that are responsible for code in this repository.
+# When a PR modifies files, the defined owners will be automatically requested for review.
+#
+# Pattern: path/to/files @username @org/team-name
+#
+# For exam purposes, all files should be reviewed before merging to main
+
+# Default owners for everything in the repo
+* @guomics-lab
+
+# Workflow files should be carefully reviewed
+/.github/workflows/ @guomics-lab
+
+# Source code requires review
+/src/ @guomics-lab
+
+# Tests require review
+/tests/ @guomics-lab
diff --git a/.github/workflows/main-protection.yml b/.github/workflows/main-protection.yml
new file mode 100644
index 0000000..9453288
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/main-protection.yml
@@ -0,0 +1,32 @@
+name: Main Branch Protection
+
+on:
+  push:
+    branches:
+      - main
+  pull_request:
+    branches:
+      - main
+
+permissions:
+  contents: read
+  pull-requests: write
+  issues: write
+
+jobs:
+  check-protection:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - name: Check if push is via PR merge
+        if: github.event_name == 'push'
+        run: |
+          echo "::notice::Direct push to main branch detected"
+          echo "This workflow monitors main branch activity."
+          echo "For this exam repository, all changes should come through Pull Requests."
+          
+      - name: PR Protection Check
+        if: github.event_name == 'pull_request'
+        run: |
+          echo "✅ Changes are being submitted via Pull Request - this is the correct workflow!"
+          echo "PR #${{ github.event.pull_request.number }}: ${{ github.event.pull_request.title }}"
+          echo "Author: ${{ github.event.pull_request.user.login }}"
diff --git a/BRANCH_PROTECTION.md b/BRANCH_PROTECTION.md
new file mode 100644
index 0000000..1d4fa89
--- /dev/null
+++ b/BRANCH_PROTECTION.md
@@ -0,0 +1,103 @@
+# 分支保护规则说明 (Branch Protection Rules)
+
+## 概述
+本仓库已配置分支保护机制，确保代码质量和规范的协作流程。
+
+## 保护规则
+
+### 1. Main 分支保护
+- **禁止直接推送到 main 分支**
+- 所有更改必须通过 Pull Request (PR) 提交
+- PR 必须通过所有 CI 检查才能合并
+
+### 2. 必需的 CI 检查
+在 PR 合并到 main 分支之前，必须通过以下检查：
+- ✅ Ruff (代码质量检查)
+- ✅ Black (代码格式化检查)
+- ✅ isort (导入排序检查)
+- ✅ Pytest (单元测试)
+
+### 3. 代码审查要求
+- 建议启用代码审查（Code Review）要求
+- PR 需要至少一位审查者批准（在仓库设置中配置）
+
+## 工作流程
+
+### 正确的提交流程 ✅
+```bash
+# 1. 从 main 分支创建新分支
+git checkout main
+git pull origin main
+git checkout -b fix/your-feature
+
+# 2. 进行代码修改
+# ... 修改文件 ...
+
+# 3. 提交更改
+git add .
+git commit -m "fix: your change description"
+
+# 4. 推送到远程分支
+git push -u origin fix/your-feature
+
+# 5. GitHub Actions 会自动创建 PR（如果启用了 auto-pr.yml）
+# 或者手动在 GitHub 网站上创建 PR
+
+# 6. 等待 CI 检查通过
+# 7. 在 GitHub 网站上合并 PR
+```
+
+### 错误的提交流程 ❌
+```bash
+# ❌ 不要直接推送到 main 分支
+git checkout main
+git add .
+git commit -m "some changes"
+git push origin main  # 这将被拒绝或触发保护警告
+```
+
+## 启用严格保护（需要仓库管理员操作）
+
+要完全阻止直接推送到 main 分支，需要在 GitHub 仓库设置中配置：
+
+1. 进入仓库的 **Settings** → **Branches**
+2. 添加分支保护规则（Branch protection rule）
+3. 规则名称：`main`
+4. 启用以下选项：
+   - ✅ **Require a pull request before merging**
+     - ✅ Require approvals (建议至少 1 个审查者)
+   - ✅ **Require status checks to pass before merging**
+     - ✅ Require branches to be up to date before merging
+     - 添加必需的检查：
+       - `grade (lint + format + tests)` (来自 grading-ci.yml)
+       - `test-and-lint` (来自 ci.yml)
+   - ✅ **Do not allow bypassing the above settings**
+   - ⚠️ **Include administrators** (可选，但建议启用以确保规则一致性)
+
+## 自动化特性
+
+### 自动创建 PR
+本仓库配置了 `auto-pr.yml` 工作流：
+- 当您推送到非 main 分支时，会自动创建 PR
+- PR 会包含标准的检查清单
+- 节省手动创建 PR 的时间
+
+### 自动运行检查
+- 每次 PR 更新时，自动运行所有质量检查
+- 检查结果显示在 PR 页面
+- 只有全部通过才能合并
+
+## 常见问题
+
+### Q: 我不小心推送到了 main 分支怎么办？
+A: 如果分支保护已正确配置，推送会被拒绝。如果推送成功了，说明需要在仓库设置中启用更严格的保护规则。
+
+### Q: 如何查看 CI 检查结果？
+A: 在 PR 页面的 "Checks" 标签中可以看到所有检查的详细结果。
+
+### Q: 所有检查都通过了，但无法合并？
+A: 检查是否启用了代码审查要求，可能需要其他人批准您的 PR。
+
+## 参考资料
+- [GitHub 分支保护文档](https://docs.github.com/en/repositories/configuring-branches-and-merges-in-your-repository/managing-protected-branches/about-protected-branches)
+- [GitHub Actions 工作流文档](https://docs.github.com/en/actions/using-workflows)
diff --git a/EXAMINER_NOTES.md b/EXAMINER_NOTES.md
index 056ee74..f211b16 100644
--- a/EXAMINER_NOTES.md
+++ b/EXAMINER_NOTES.md
@@ -17,6 +17,21 @@
 ## 3. 出题上线流程（建议）
 1. 将该仓库设置为模板仓库（GitHub Template Repository）
 2. 考生从模板生成自己的考试仓库（或你们系统自动创建）
-3. 要求考生在规定时间内提交 PR
-4. CI 自动给出是否通过
-5. 管理端收集 PR 链接与 CI 状态，进行最终评审
\ No newline at end of file
+3. **配置仓库的分支保护规则**（重要）：
+   - Settings → Branches → Add branch protection rule
+   - Branch name pattern: `main`
+   - 启用以下选项：
+     - ✅ Require a pull request before merging
+     - ✅ Require status checks to pass before merging
+     - 添加必需检查：`grade (lint + format + tests)`
+     - ✅ Do not allow bypassing the above settings
+   - 详细配置请参考 `BRANCH_PROTECTION.md`
+4. 要求考生在规定时间内提交 PR
+5. CI 自动给出是否通过
+6. 管理端收集 PR 链接与 CI 状态，进行最终评审
+
+## 4. 自动化功能说明
+- **自动 PR 创建**：`auto-pr.yml` 会在学生推送分支时自动创建 PR
+- **自动 CI 检查**：`grading-ci.yml` 会在 PR 上自动运行所有检查
+- **分支保护监控**：`main-protection.yml` 监控对 main 分支的操作
+- **代码审查要求**：`.github/CODEOWNERS` 定义了代码审查者
\ No newline at end of file
diff --git a/README.md b/README.md
index 3a2dc9f..00876fb 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -22,14 +22,30 @@ CI 会检查：
    - 进行至少 1 次 commit（建议 1~3 次，小步提交）
    - 提交信息建议格式：`fix: make code pep8 compliant`（也可使用你们团队规范）
 4. **发起 Pull Request**：
+   - **⚠️ 注意：本仓库禁止直接推送到 `main` 分支，所有更改必须通过 PR 提交**
+   - 推送分支后，系统会自动创建 PR（或手动创建）
    - PR 标题清晰说明做了什么
    - PR 描述中写明：你修复了哪些类型的问题（例如：imports/formatting/naming/docstring）
+   - 等待 GitHub Actions 自动运行所有检查
 
 ## 三、通过标准
 - GitHub Actions 绿灯（全部 job 通过）
 - PR 内容清晰、可读
 - 不引入功能回归（pytest 通过）
 
+## 📋 自动化功能
+本仓库已配置以下自动化功能：
+
+### ✅ 自动 PR 检测
+- 当你推送分支后，系统会**自动创建 Pull Request**
+- PR 会自动触发 CI 检查（ruff、black、isort、pytest）
+- 检查结果会显示在 PR 页面，全部通过后显示绿色 ✅
+
+### 🔒 Main 分支保护
+- **禁止直接推送到 `main` 分支**
+- 所有代码更改必须通过 Pull Request 提交
+- 详细的分支保护规则请参考 [BRANCH_PROTECTION.md](BRANCH_PROTECTION.md)
+
 ## 四、本地运行建议
 1、创建环境（建议使用 Python 3.11）
 
@@ -56,7 +72,11 @@ isort --check-only .
 git add .
 git commit -m "fix: pep8 refactor"
 git push -u origin fix/user （请将user替换为实际的用户名）
-PR 页面等待 GitHub Actions 执行，看到 grading-ci / grade (lint + format + tests) 为绿色即通过。
+
+# ✅ 系统会自动创建 PR
+# 在 GitHub 网站上查看 PR 页面，等待 GitHub Actions 执行
+# 看到 grading-ci / grade (lint + format + tests) 为绿色即通过
+# ⚠️ 注意：不要直接推送到 main 分支，必须通过 PR 合并
 
 ```
 

From 4ba9312836b345f88ea670469785ecdbe428103b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: "copilot-swe-agent[bot]" <198982749+Copilot@users.noreply.github.com>
Date: Thu, 25 Dec 2025 03:09:58 +0000
Subject: [PATCH 3/3] Improve branch protection messages and documentation
 based on code review

Co-authored-by: zhiyuajun <156592628+zhiyuajun@users.noreply.github.com>
---
 .github/workflows/main-protection.yml | 7 ++++---
 BRANCH_PROTECTION.md                  | 1 -
 2 files changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/.github/workflows/main-protection.yml b/.github/workflows/main-protection.yml
index 9453288..9f7382e 100644
--- a/.github/workflows/main-protection.yml
+++ b/.github/workflows/main-protection.yml
@@ -20,9 +20,10 @@ jobs:
       - name: Check if push is via PR merge
         if: github.event_name == 'push'
         run: |
-          echo "::notice::Direct push to main branch detected"
-          echo "This workflow monitors main branch activity."
-          echo "For this exam repository, all changes should come through Pull Requests."
+          echo "::warning::Direct push to main branch detected"
+          echo "⚠️  All changes to the main branch should come through Pull Requests."
+          echo "📖 Please refer to BRANCH_PROTECTION.md for proper workflow guidelines."
+          echo "🔧 Repository administrators should configure branch protection rules in Settings → Branches"
           
       - name: PR Protection Check
         if: github.event_name == 'pull_request'
diff --git a/BRANCH_PROTECTION.md b/BRANCH_PROTECTION.md
index 1d4fa89..d15a3c5 100644
--- a/BRANCH_PROTECTION.md
+++ b/BRANCH_PROTECTION.md
@@ -70,7 +70,6 @@ git push origin main  # 这将被拒绝或触发保护警告
      - ✅ Require branches to be up to date before merging
      - 添加必需的检查：
        - `grade (lint + format + tests)` (来自 grading-ci.yml)
-       - `test-and-lint` (来自 ci.yml)
    - ✅ **Do not allow bypassing the above settings**
    - ⚠️ **Include administrators** (可选，但建议启用以确保规则一致性)