Hw6 files #2
Hw6 files #2
Conversation
nvaulin
left a comment
nvaulin
left a comment
There was a problem hiding this comment.
Привет!
- README, хороший, но кажется не обновлен:)
- Названия коммитов не забывай делать с загавной буквы) В остальном оу
- По поводу FASTQ-модуля. Ты добавила чтение и запись, но таким образом что этим вообще невозможно воспользоваться. Кажется все части у тебя написаны правильно, поэтому ставлю 1/2, но к сожалению их надо еще соединить как надо.
- Не нашел остальных функций. Если ты их и не писала - то ок. Если что сможешь потом сдать на половину баллов.
- Обидные ошибки с импортами из-за который весь код падает с ошибкой:)
Баллы
- Добработка FASTQ-модуля: 1/2 балла
- convert_multiline_fasta_to_oneline: 0/4 балла
- select_genes_from_gbk_to_fasta: 0/4 балла
Итого: 1 балл
main_script.py
Outdated
| from data_processing_scripts.dna_rna_tools import transcribe, reverse, complement, reverse_complement | ||
| from data_processing_scripts.das_protein_tools import get_pI, calculate_aa_freq, translate_protein_rna, convert_to_3L_code, protein_mass | ||
| from data_processing_scripts.fastq_script import main_fastq_tools, parse_file, save_filtered_fastq | ||
| import data_processing_scripts.dna_rna_dict as drd | ||
| import data_processing_scripts.protein_dict as prd | ||
| import os |
There was a problem hiding this comment.
| from data_processing_scripts.dna_rna_tools import transcribe, reverse, complement, reverse_complement | |
| from data_processing_scripts.das_protein_tools import get_pI, calculate_aa_freq, translate_protein_rna, convert_to_3L_code, protein_mass | |
| from data_processing_scripts.fastq_script import main_fastq_tools, parse_file, save_filtered_fastq | |
| import data_processing_scripts.dna_rna_dict as drd | |
| import data_processing_scripts.protein_dict as prd | |
| import os | |
| import os | |
| import data_processing_scripts.dna_rna_dict as drd | |
| import data_processing_scripts.protein_dict as prd | |
| from data_processing_scripts.dna_rna_tools import transcribe, reverse, complement, reverse_complement | |
| from data_processing_scripts.das_protein_tools import get_pI, calculate_aa_freq, translate_protein_rna, convert_to_3L_code, protein_mass | |
| from data_processing_scripts.fastq_script import main_fastq_tools, parse_file, save_filtered_fastq |
main_script.py
Outdated
| import os | ||
|
|
||
|
|
||
| def main_dna_rna_tools(*args: str): |
There was a problem hiding this comment.
- Функции должны называться глаголами
- Ну че ж тут как то как будто мы студенты:))
| def main_dna_rna_tools(*args: str): | |
| def run_dna_rna_tools(*args: str): |
main_script.py
Outdated
| return results if len(results) > 1 else results[0] | ||
|
|
||
|
|
||
| def main_protein_tools(*args: str): |
There was a problem hiding this comment.
| def main_protein_tools(*args: str): | |
| def run_protein_tools(*args: str): |
| action = args[-1] | ||
| sequences = args[:-1] | ||
| action_list = { | ||
| "get_pI": get_pI, |
There was a problem hiding this comment.
В питоне названия функций - только в нижнем регистре:)
main_script.py
Outdated
|
|
||
| return result | ||
|
|
||
| def main_fastq(input_path: str, output_filename: str = None): |
There was a problem hiding this comment.
| def main_fastq(input_path: str, output_filename: str = None): | |
| def run_fastq_filter(input_path: str, output_filename: str = None): |
или
| def main_fastq(input_path: str, output_filename: str = None): | |
| def filter_fastqinput_path: str, output_filename: str = None): |
Тем не менее, тут большая ключевая ошибка. Надо было в исходной функции заменить прием словаря на прием пути. Ты добавила по сути "функцию-обертку" снаружи (и это в цело ок), но которая не принимает никаких аргументов для фильтрации... Как я могу воспользоваться фильтром? В этой функции я не могу задать условия для фильтра, в функции из дз 5 я не могу передать файл.
| # Here should be a python script | ||
|
|
||
|
|
||
| def parse_file(filename): |
There was a problem hiding this comment.
Ну тут же не просто файл:)
| def parse_file(filename): | |
| def read_fastq(path): |
|
|
||
| def parse_file(filename): | ||
| with open(filename, 'r') as f: | ||
| lines = f.read().split('\n') |
There was a problem hiding this comment.
По сути ты сделала f.readlines, но в два притопа:)
В целом ок, но было бы круче написать это не читая весь файл за раз
| # print(len(lines)) | ||
| # print(*lines, sep="\nx\n") |
There was a problem hiding this comment.
Ну тут в продакшене такие отладки не надо оставлять
| line = lines[i].strip() | ||
| # Parse 4 lines per 1 sequence | ||
| # The first line should contain '@' sign | ||
| if line.startswith('@'): |
There was a problem hiding this comment.
Все равно получается привязываешься к какому то содержанию. Тут оно нам не шибко в помощь, нельзя полагаться на то что нам не гарантировано в общем случае. Лучше просто по 4 читать независимо от символов.
| for sequence_id, (sequence, quality) in filtered_data.items(): | ||
| f.write(f"{sequence_id}\n{sequence}\n+\n{quality}\n") |
There was a problem hiding this comment.
В целом гуд, +- так и ожидалось. Но тут большая проблемка есть:)
Ты не стала читать строку с комментарием вместо неё тут записала "+". Ты получается услугу 2 по цене 1 тут продаешь:) Мы вам не только ваши данные отфильтруем, так еще и почистим от всяких комментариев которые вам могут быть нужны!
Не, коммент тут очень важно оставить как есть, не надо ничего делать из того что человек не просил (да и у вас нигде вроде не заявлено, ни в док стрингах ни в ридми, мол а еще вам в подарок удаляем треть информции)
2 participants
No description provided.