Conversation
Add dna_tools.py, protein_tools.py, fastq_tools.py
Add "Possible commands" to run_dna_rna_tools and run_ultimate_protein_tools functions
Add reading option from gbk file: gene_name and translation
…on in bio_files_processor.py
Transform output value in dict to list for next processing
- Add docstrings for all functions - Create select_genes_from_gbk_to_fasta function with partial functionality as intended - Comment cds_counter in read_gbk function - Update import
|
Забыл добавить ссылку в гугл-класс. Сделал это после дедлайна |
| """ | ||
|
|
||
| seqs = {} | ||
| with open(input_path + '.fastq') as fastq_file: |
There was a problem hiding this comment.
До этой строки было бы неплохо сделать проверку на то, что передалось в функцию. Если это путь, то к нему не надо дописывать расширение .fastq
| if not os.path.exists(dir_name): | ||
| os.mkdir(dir_name) | ||
|
|
||
| with open(os.path.join(dir_name, output_filename + '.fastq'), mode='w') as file: |
There was a problem hiding this comment.
Если в фильтратор был передан путь, то внутри папки с результатами функция будет пытаться искать весь ээтот путь, и туда записать файл
Вопрос решается применением os.basename(), которая вернет имя непосредственно файла
| """ | ||
|
|
||
| seqs = {} | ||
| with open(input_fasta + '.fasta') as multiline_fasta: |
There was a problem hiding this comment.
та же самая проблема со сборкой имени, если передан путь с расширением
| # genes: List[str], | ||
| # n_before: int = 1, | ||
| # n_after: int = 1, |
There was a problem hiding this comment.
Ой, закомменченный код.... Если он не нужен, но надо его просто убирать из скрипта
Но видимо, он все же нужен, без него функция не работает
|
Это была сложная домашка, так что не переживай) Самое главное, что основы работы с файлами освоены, остальное - вопрос тренировки и тестирования своего кода:) Комментарии:
Итог:
Cумма: 5.8 |
2 participants
No description provided.