Completed HW6_Files #2
Conversation
Rewrite README with full description of BioSeqTools
SidorinAnton
left a comment
SidorinAnton
left a comment
There was a problem hiding this comment.
В целом неплохо!
Основные моменты:
- Мусор в репозитории!
.DS_Storeи__pycache__. Используй .gitignore - read и readlines. В целом это может работать, но если файл очень большой, то мы можем упасть с ошибкой типа
MemoryError.
Так что всё-таки надежнее читать файлы (особенно биоинформатические) построчно ))
| for amino_acid, count in amino_acid_counts.items(): | ||
| percentage = round(((count / total_amino_acids) * 100), 2) | ||
| amino_acid_percentages[amino_acid] = percentage | ||
| return f'Amino acids percentage of the sequence {seq}: {amino_acid_percentages}' |
| weight = 18.02 # for the H and OH at the termini | ||
| for amino_acid in seq: | ||
| weight += amino_acid_weights[amino_acid] | ||
| return f'Molecular weight of the sequence {seq}: {round(weight, 2)} Da' |
|
|
||
| # Substitute all found values into the formula and calculate pI | ||
| pI = total_pK / count | ||
| return f"Isoelectric point for the sequence {sequence}: {pI}" |
| sequences = {} | ||
| current_id = None | ||
|
|
||
| for line in fasta_lines: | ||
| line = line.strip() | ||
|
|
||
| if line.startswith('>'): | ||
| current_id = line[1:] | ||
| sequences[current_id] = '' | ||
| else: | ||
| if current_id: | ||
| sequences[current_id] += line | ||
|
|
||
| if output_fasta is None: | ||
| output_fasta = input_fasta + ".fasta" | ||
|
|
||
| with open(output_fasta, 'w') as output_file: | ||
| for seq_id, sequence in sequences.items(): | ||
| output_file.write(f'>{seq_id}\n{sequence}\n') |
There was a problem hiding this comment.
Можно проще. Что-нибудь в духе:
with open(INPUT) as inp_fa, open(OUTPUT, "w") as opt_fa:
for line in inp_fa:
if line.startswith(">"):
opt_fa.write("\n") # Можно аккуратнее сделать проверку на первую строку, тогда не будет \n вначале
opt_fa.write(line)
continue
opt_fa.write(line.strip())| @@ -0,0 +1,103 @@ | |||
| def convert_multiline_fasta_to_oneline(input_fasta, output_fasta=None): | |||
| with open(input_fasta, 'r') as input_file: | |||
| fasta_lines = input_file.readlines() | |||
There was a problem hiding this comment.
Не оч хорошо, т.к. если файл очень большой, то можем упасть с ошибкой ))
Лучше делать итерацию по строкам
| n_after=1, output_fasta=None): | ||
|
|
||
| with open(input_gbk, 'r') as gbk_file: | ||
| gbk_data = gbk_file.read() |
There was a problem hiding this comment.
Не оч хорошо, т.к. если файл очень большой, то можем упасть с ошибкой ))
Лучше делать итерацию по строкам
|
|
||
| def change_fasta_start_pos(input_fasta, shift, output_fasta): | ||
| with open(input_fasta, 'r') as input_file: | ||
| lines = input_file.readlines() |
There was a problem hiding this comment.
Не оч хорошо, т.к. если файл очень большой, то можем упасть с ошибкой ))
Лучше делать итерацию по строкам
|
|
||
| def parse_blast_output(input_file, output_file=None): | ||
| with open(input_file, 'r') as f: | ||
| lines = f.read().splitlines() |
There was a problem hiding this comment.
Не оч хорошо, т.к. если файл очень большой, то можем упасть с ошибкой ))
Лучше делать итерацию по строкам
| @@ -0,0 +1,45 @@ | |||
| def read_fastq_file(file_path): | |||
| with open(file_path, 'r') as file: | |||
| lines = file.readlines() | |||
There was a problem hiding this comment.
Не оч хорошо, т.к. если файл очень большой, то можем упасть с ошибкой ))
Лучше делать итерацию по строкам
| # Usage example | ||
| run_filter_fastq('./HW6_Files/example_fastq.fastq', gc_bounds=(10, 30), quality_threshold=30, output_filename='filtered_output.fastq') |
There was a problem hiding this comment.
Не, тут это не надо )))
Если хочется, можно, например, унести в другой файл
2 participants
No description provided.