Bioinformatic tools

The file main_script.py contains classes and functions for work with nucleic acid and amino acid sequences and filtering FASTQ files

Classes:

Abstract class BiologicalSequence

This class includes abstract methods:

• __len__: Возвращает длину последовательности.
• __getitem__: Получает элемент по индексу или срез последовательности.
• __str__: Возвращает строковое представление последовательности.
• __is_valid__: Проверяет последовательность на недопустимые символы.

Class NucleicAcidSequence

This class is inherent to BiologicalSequence. Includes the following methods:

• __init__
• __len__
• __getitem__
• __str__
• __is_valid__
• complement: Возвращает комплементарную последовательность
• reverse: Возвращает обратную последовательность
• reverse_complement: Возвращает обратную комплементарную последовательность

Class DNASequence

This class is inherent to NucleicAcidSequence. Accepts nucleotide sequence as argument. Includes the following methods:

• __init__: Осуществляет проверку входящей последовательности на недопустимые символы. Если находит, выдаёт ошибку.
• transcribe: Возвращает транскрибированную РНК-последовательность

Class RNASequence

This class is inherent to NucleicAcidSequence. Accepts nucleotide sequence as argument. Includes the following methods:

• __init__: Осуществляет проверку входящей последовательности на недопустимые символы. Если находит, выдаёт ошибку.
• reverse_transcribe: Возвращает транскрибированную ДНК-последовательность

Class AminoAcidSequence

This class is inherent to BiologicalSequence. Accepts amino acid sequence as argument. Includes the following methods:

• __init__: Осуществляет проверку входящей последовательности на недопустимые символы. Если находит, выдаёт ошибку.
• __len__
• __getitem__
• __str__
• __is_valid__
• molecular_weight: Возвращает молекулярную массу аминокислотной последовательности

This class has one attribute:

• amino_acid_masses: словарь, содержащий однобуквенный код аминокислот в качестве ключей и соответствующие молекулярные массы в качестве значений.

Functions:

filter_fastq

Фильтрует записи из FASTQ-файла по длине, качеству и GC-составу. Записывает фильтрованные записи в новый файл.

• :param input_file: Путь к входному FASTQ-файлу.
• :param output_file: Путь к выходному FASTQ-файлу.
• :param min_length: Минимальная длина последовательности.
• :param min_quality: Минимальное среднее качество.
• :param min_gc_content: Минимальный процент GC-содержания (в диапазоне от 0 до 100).