KorfLab · richelbilderbeek · May 11, 2020 · May 12, 2020
diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml
@@ -0,0 +1,4 @@
+
+script:
+  - make
+  - ./snap HMM/thale DNA/thale.dna.gz
diff --git a/Zoe/depend b/Zoe/depend
@@ -1,40 +1,39 @@
 zoeCDS.o: zoeCDS.c zoeCDS.h zoeDNA.h zoeFastaFile.h zoeTools.h \
-  zoeProtein.h zoeFeature.h zoeFeatureTable.h
+ zoeProtein.h zoeFeature.h zoeFeatureTable.h
 zoeCounter.o: zoeCounter.c zoeCounter.h zoeDNA.h zoeFastaFile.h \
-  zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeMath.h zoeModel.h
+ zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeMath.h zoeModel.h
 zoeDNA.o: zoeDNA.c zoeDNA.h zoeFastaFile.h zoeTools.h zoeProtein.h \
-  zoeFeature.h
+ zoeFeature.h
 zoeDistribution.o: zoeDistribution.c zoeDistribution.h zoeMath.h \
-  zoeTools.h
+ zoeTools.h
 zoeDuration.o: zoeDuration.c zoeDuration.h zoeDistribution.h zoeMath.h \
-  zoeTools.h zoeFeature.h
+ zoeTools.h zoeFeature.h
 zoeFastaFile.o: zoeFastaFile.c zoeFastaFile.h zoeTools.h
 zoeFeature.o: zoeFeature.c zoeFeature.h zoeTools.h
 zoeFeatureFactory.o: zoeFeatureFactory.c zoeFeatureFactory.h zoeDNA.h \
-  zoeFastaFile.h zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeScanner.h \
-  zoeMath.h zoeModel.h zoeFeatureTable.h zoeCDS.h
+ zoeFastaFile.h zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeScanner.h \
+ zoeMath.h zoeModel.h zoeFeatureTable.h zoeCDS.h
 zoeFeatureTable.o: zoeFeatureTable.c zoeFeatureTable.h zoeCDS.h zoeDNA.h \
-  zoeFastaFile.h zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h
+ zoeFastaFile.h zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h
 zoeHMM.o: zoeHMM.c zoeHMM.h zoeDuration.h zoeDistribution.h zoeMath.h \
-  zoeTools.h zoeFeature.h zoeState.h zoeModel.h zoeDNA.h zoeFastaFile.h \
-  zoeProtein.h zoePhasePref.h zoeTransition.h
+ zoeTools.h zoeFeature.h zoeState.h zoeModel.h zoeDNA.h zoeFastaFile.h \
+ zoeProtein.h zoePhasePref.h zoeTransition.h
 zoeIsochore.o: zoeIsochore.c zoeHMM.h zoeDuration.h zoeDistribution.h \
-  zoeMath.h zoeTools.h zoeFeature.h zoeState.h zoeModel.h zoeDNA.h \
-  zoeFastaFile.h zoeProtein.h zoePhasePref.h zoeTransition.h \
-  zoeIsochore.h
+ zoeMath.h zoeTools.h zoeFeature.h zoeState.h zoeModel.h zoeDNA.h \
+ zoeFastaFile.h zoeProtein.h zoePhasePref.h zoeTransition.h zoeIsochore.h
 zoeMath.o: zoeMath.c zoeMath.h zoeTools.h
 zoeModel.o: zoeModel.c zoeModel.h zoeDNA.h zoeFastaFile.h zoeTools.h \
-  zoeProtein.h zoeFeature.h zoeMath.h
+ zoeProtein.h zoeFeature.h zoeMath.h
 zoePhasePref.o: zoePhasePref.c zoePhasePref.h zoeMath.h zoeTools.h \
-  zoeFeature.h
+ zoeFeature.h
 zoeProtein.o: zoeProtein.c zoeProtein.h zoeFastaFile.h zoeTools.h
 zoeScanner.o: zoeScanner.c zoeScanner.h zoeDNA.h zoeFastaFile.h \
-  zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeMath.h zoeModel.h
+ zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeMath.h zoeModel.h
 zoeState.o: zoeState.c zoeState.h zoeFeature.h zoeTools.h
 zoeTools.o: zoeTools.c zoeTools.h
 zoeTransition.o: zoeTransition.c zoeTransition.h zoeMath.h zoeTools.h \
-  zoeFeature.h
+ zoeFeature.h
 zoeTrellis.o: zoeTrellis.c zoeTrellis.h zoeCDS.h zoeDNA.h zoeFastaFile.h \
-  zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeFeatureFactory.h zoeScanner.h \
-  zoeMath.h zoeModel.h zoeFeatureTable.h zoeHMM.h zoeDuration.h \
-  zoeDistribution.h zoeState.h zoePhasePref.h zoeTransition.h
+ zoeTools.h zoeProtein.h zoeFeature.h zoeFeatureFactory.h zoeScanner.h \
+ zoeMath.h zoeModel.h zoeFeatureTable.h zoeHMM.h zoeDuration.h \
+ zoeDistribution.h zoeState.h zoePhasePref.h zoeTransition.h
diff --git a/Zoe/zoe-loop b/Zoe/zoe-loop
diff --git a/Zoe/zoe-loop.o b/Zoe/zoe-loop.o
diff --git a/Zoe/zoeCDS.o b/Zoe/zoeCDS.o
diff --git a/Zoe/zoeCounter.o b/Zoe/zoeCounter.o
diff --git a/Zoe/zoeDNA.o b/Zoe/zoeDNA.o
diff --git a/Zoe/zoeDistribution.o b/Zoe/zoeDistribution.o
diff --git a/Zoe/zoeDuration.o b/Zoe/zoeDuration.o
diff --git a/Zoe/zoeFastaFile.o b/Zoe/zoeFastaFile.o
diff --git a/Zoe/zoeFeature.o b/Zoe/zoeFeature.o
diff --git a/Zoe/zoeFeatureFactory.o b/Zoe/zoeFeatureFactory.o
diff --git a/Zoe/zoeFeatureTable.o b/Zoe/zoeFeatureTable.o
diff --git a/Zoe/zoeHMM.o b/Zoe/zoeHMM.o
diff --git a/Zoe/zoeIsochore.o b/Zoe/zoeIsochore.o
diff --git a/Zoe/zoeMath.o b/Zoe/zoeMath.o
diff --git a/Zoe/zoeModel.o b/Zoe/zoeModel.o
diff --git a/Zoe/zoePhasePref.o b/Zoe/zoePhasePref.o
diff --git a/Zoe/zoeProtein.o b/Zoe/zoeProtein.o
diff --git a/Zoe/zoeScanner.o b/Zoe/zoeScanner.o
diff --git a/Zoe/zoeState.o b/Zoe/zoeState.o
diff --git a/Zoe/zoeTools.o b/Zoe/zoeTools.o
diff --git a/Zoe/zoeTransition.o b/Zoe/zoeTransition.o
diff --git a/Zoe/zoeTrellis.o b/Zoe/zoeTrellis.o
diff --git a/fathom b/fathom
diff --git a/fathom.o b/fathom.o
diff --git a/forge b/forge
diff --git a/forge.o b/forge.o
diff --git a/snap b/snap
diff --git a/snap.o b/snap.o