意思 解释 用法和含义
man 查询某一命令的具体参数，例如：man wget manual 查询口令
mkdir 创建文件夹 mkdir +文件夹名
cd 目录切换（注意区别相对路径与绝对路径） cd changedirectory cd后面为空时，进入默认家目录（这里为 /home/test） cd /usr/local # 进入根目录(目录名输入一部分即可按TAB键自动补全，非常好用)
ls 显示文件夹中文件列表 list ls-l（和-la一样） ls -a （列出来所有内容） ls-la(显示当前文件列表 包括权限大小日期名字）
cat 直接查看文件
wc 查看文件行数、字数 word count
cut 取出文件中的特定列或字符
sort 排序
uniq 去重复
grep 文件中关键词搜索，返回行 用于过滤自己想要的和不想要的
chmod 修改文件的访问权限
awk
pwd 显示当前目录路径
tree 以树形结构显示文件夹 tree +文件夹名 或进入路径后直接tree #显示 linux 文件夹下文件（夹）
touch 创建文件 touch old_file
mkdir 创建文件夹 mkdir cp_folder
cp 复制文件(夹)， cp old_file old_file2 # 复制文件 cp -r old_folder old_folder2 # 复制文件夹，需要加上 -r
mv 重命名或移动文件（夹） mv old_file new_file #文件重命名 文件文件 文件覆盖。如果new_file存在，将覆盖new_file。
mv old_folder new_folder #文件夹重命名。文件夹夹归入其中。如果new_folder已经存在，把old_folder移动到new_folder中
mv new_file new_folder #将文件移动到新目录
rmdir 删除文件夹 rmdir old_folder2 # 只能是空文件夹
rm 删除文件（夹） rm -r new_folder # 删除非空文件夹（可以非空） rm old_file2 # 删除文件
4)查看文件 cat 直接查看文件 cat file_name wc 查看文件行数、字数 wc -l file_name #查看文件行 wc -c file_name #查看文件字数 head 查看文件前几行 head file_name #查看文件前 10 行（思考：为什么只显示 8 行） head -n 6 file_name #查看文件前 6 行 tail 查看文件后几行 tail file_name #查看文件后 10 行 tail -n 4 file_name #查看文件后 4 行 more/less 翻页查看文件 more file_name # 按 d 向下翻页，翻完后（或按 q）退出 (由于文件过小，需要把终端调窄才有效果) less file_name # 按 d 向下翻页，u 向上翻页，q 退出
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文件信息提取和操作 cut 取出文件中的特定列或字符 cut -f 4 file_name #取出第 4 列 cut -d ";" -f 2 file_name # 以分号作为输入字段的分隔符（默认为制表符），取出第 2 列 sed 编辑文件 sed 's/a/A/g' file_name #将文件中所有的 a 替换为 A sed -n '3,6 p' file_name #打印第3到6行 sed '2 q' file_name #打印前2行 grep 文件中关键词搜索，返回行 grep 'CDS' file_name #显示匹配上 'CDS' 的所有行 grep -v 'CDS' file_name #显示没有匹配上'CDS'的所有行 过滤含有CDS的行数 grep -w 'gene' file_name #必须与整个字匹配 (思考第 8 行中的 gene_id 包含 gene，为什么没有显示这一行) #用grep -v排除comment line(以#开头的部分)以及长度为0的空白行 # '^'匹配行首，'$'匹配行尾 # '^#'匹配行首为'#'的行 # 如果'^$'可以匹配到某一行，则表示该行为空行(行首紧接着行尾，之间没有其他字符) grep -v "^#" 1.gtf | grep -v '^$' | wc -l
# 过滤空白空行(除了换行符还可能包括空白字符，如空格和制表符的行)，显示前10行结果 # '\s'匹配空白字符，'*'表示这样的字符会出现0次到多次 # '^\s*$'表示在一行的开始和结束之间只有0到多个空白字符 cat 1.gtf | awk '$0!~/^\s*$/{print}' | head -10 grep -v '^\s*$' 1.gtf | head -10
sort 排序 sort -k 4 file_name # 按照第 4 列排序 sort -k 5 file_name # 按照第 5 列排序 (ASCII码顺序) sort -k 5 -n file_name # 按照第 5 列排序 (ASCII数值顺序) uniq 去重复 uniq -c file_name # 去重复并且计算重复频率（仅能处理串联重复） Tips：file_name 中没有重复的行，该命令的效果要在下一节的最后一条命令中才能直观地看到。
- 压缩和数据流重定向 gzip 压缩文件 gzip file_name gunzip 解压缩文件（.gz 文件） gunzip file_name.gz tar 打包压缩、解压缩文件（夹） -z .gzip 格式 -c 打包压缩 f 指定压缩文件名 tar -zcv -f cp_folder.tar.gz cp_folder #打包压缩文件夹（gzip格式） -z .gzip 格式 -t 查看压缩包里的文件名 -f 指定压缩文件名 tar -ztv -f cp_folder.tar.gz #查看压缩文件夹中的文件名（gzip格式） -z .gzip 格式 -x 解压 -f 指定压缩文件名 tar -zxv -f cp_folder.tar.gz #打开包并解压缩（gzip格式） -c 打包压缩 -x 解压 -t 查看压缩包里的文件名 -z .gzip 格式 -f 指定压缩文件名 -C：建立一个压缩文件的参数指令(create的意思) ；-x：解开一个压缩文件的参数指令! -t：查看tarfile里面的文件! 特别注意，在参数的下达中，c/x/t仅能存在一个!不可同时存在!因为不可能同时压缩与解压缩。 -z：是否同时具有gzip的属性?亦即是否需要用gzip压缩? -j：是否同时具有bzip 2的属性?亦即是否需要用bzip 2压缩? -V：压缩的过程中显示文件!这个常用，但不建议用在背景执行过程! -f：使用档名，请留意，在f之后要立即接档名喔!不要再加参数! 例如使用『tar-z cv fPt files file』就是错误的写法， 要写成『tar-z cvP ft files file』才对喔! -p：使用原文件的原来属性(属性不会依据使用者而变)-P：可以使用绝对路径来压缩! -N：比后面接的日期(yyyy/mm/dd)还要新的才会被打包进新建的文件中!--exclude FILE：在压缩的过程中， 不要将FILE打包!
将终端结果输出给文件，会创建新文件或者覆盖原文件 cat file_name > new_file # 将文件的内容输出到一个新文件 cat new_file
将终端结果输出给文件，内容会加在原文件尾部 sed -n '8 p' file_name >> new_file # 将文件的第 8 行附加到新文件的尾部 cat new_file
| 管道，将左边命令的标准输出（standard output）作为右边命令接受的标准输入（standard input） head -n 6 file_name | tail -n 3
cut -f 4 file_name | sort | uniq -c
Tips
- 管道命令只处理前一个命令正确输出，不处理错误输出（standard error）。
- 管道命令右边命令，必须能够接收标准输入流命令才行。
- 查看、修改文件权限
用户及用户组：文件所有者 u(user)，用户组 g(group)，其他人 o(other)，所有人 a(all) chmod 修改文件的访问权限，分为数字模式和符号模式。 数字模式：chmod 755 file_name chmod -R 755 cp_folder # -R 修改该目录中所有文件的权限 三位数分别表示文件所有者，用户组，其他人 r 表示可读，w 表示可写，x 表示可执行 用数字表示：可读 r=4，可写 w=2，可执行 x=1 例如：777 表示所有用户对文件具有读、写、执行权限；755 表示文件所有者对文件具有可读、可写、可执行权限，其他用户只具有可读、可执行权限。 符号模式： chmod u+x,go=rx file_name #使文件的所有者加上可执行权限，将用户组和其他人权限设置为可读和可执行 chmod o-x file_name #使其他人对文件除去可执行权限 chmod a+x cp_folder #使所有人对文件夹加上可执行权限 + 加入 - 除去 = 设置
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其他命令 top 监视计算机使用情况（按 q 退出） date 显示系统的时间和日期，可用于为程序运行时长进行计时 which 寻找可执行文件，显示路径 ctrl-c 终止当前进程 ctrl-z 暂停当前进程
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清理 rm new_file rm -r cp_folder rm cp_folder.tar.gz