Dev hw5 to dev #2
Conversation
file for new functions
added functionality for file processing
update complement function for better adequacy
modified: modules/fastq_tools.py
writing filtered sequence to a file is wrapped in a function
added pycache and .ipynb
modified: modules/fastq_tools.py
reading sequence for filtering from a file is wrapped into a function
update transcribe function for better adequacy
added convert_multiline_fasta_to_oneline
added info about bio_files_processor.py and its functions
added functions for bio_files_processor: write_genes_seq_to_fasta and find_genes_with_neighbors
added parse_blast_output
modified: modules/fastq_tools.py
bug fixed in output file creation
|
Привет! 🧚 Хорошая работа, сделано много! Замечания оставила в комментариях. Распределение баллов:
Итоговые баллы за задание: 85б + 1 доп Ты молодец! Учти все замечания, и дальше только лучше! |
| from os import path | ||
| from sys import exit | ||
| from pathlib import Path | ||
| import modules.dna_rna_tools |
There was a problem hiding this comment.
Для четкости лучше импортировать конкретные функции, которые в модуле используются.
|
|
||
| path_to_write = Path("filtered", f"{output_fastq}") | ||
| if path_to_write.is_file(): | ||
| is_overwtire = input(f"The file {path_to_write} already exists, want to overwrite it? Y/N") |
There was a problem hiding this comment.
Лучше такие побочные эффекты не прописывать в модулях - представим, что мы хотим использовать какую-то функцию, а программа вдруг зависает и ждет от нас какие-то значения для ввода. Лучше вызывать ошибку или предупреждение в таком случае (например, использование warnings.warn). Cкрытые побочные эффекты являются частой причиной сложно отлаживаемых ошибок в коде
| status = True | ||
|
|
||
| with open(input_fastq, "r") as file: | ||
| while status: |
There was a problem hiding this comment.
Всегда осторожно с такими циклами - легко улететь в бесконечный.
| rez_gc_bounds = {} | ||
|
|
||
| for key in seqs.keys(): | ||
| if (gc_bounds[0] <= modules.fastq_tools.gc_count(seqs[key][0])) and (modules.fastq_tools.gc_count(seqs[key][0]) <= gc_bounds[1]): |
There was a problem hiding this comment.
Почему бы не импортировать сразу модуль fastq_tools?
Код очень сложно читаем.
| if (gc_bounds[0] <= modules.fastq_tools.gc_count(seqs[key][0])) and (modules.fastq_tools.gc_count(seqs[key][0]) <= gc_bounds[1]): | ||
| rez_gc_bounds[key] = seqs[key] | ||
|
|
||
| rez_length_bounds = {} |
There was a problem hiding this comment.
Супер неоптимально - мы записываем в три разных переменных результаты проверки одной последовательности. Лучше сразу просто проверить последовательность на все фильтры.
| line = file.readline().strip() | ||
|
|
||
| with open(path_to_write, "w") as file_w: | ||
| for k in rez.keys(): |
There was a problem hiding this comment.
Почему бы сразу не итеррироваться по значениям?
for k, seq in rez.items()
| 'translation': current_translation | ||
| } | ||
|
|
||
| in_cds = line.startswith(' CDS') |
| # For future use: | ||
| # to avoid new-parsing the if the data is already collected in a convenient form (dictionary) | ||
| with open(f'{input_gbk.split(".")[0]}.json', 'w', encoding='utf-8') as f: | ||
| json.dump(genes_parsed, f, ensure_ascii=False, indent=4) |
There was a problem hiding this comment.
Можно сохранит просто в формате .txt
| file_w.write(k+'\n') | ||
| file_w.write(''.join(rez[k])+'\n') | ||
|
|
||
| def parse_blast_output(input_gbk: str, genes: Union[int, tuple, list], output_fasta: str, n_before: int = 1, n_after: int = 1): |
There was a problem hiding this comment.
Получился какой-то гибрид - две функции в одной. Должны быть две различные функции.
| 'translation': current_translation | ||
| } | ||
|
|
||
| #print(genes_parsed) |
2 participants
Dev hw5 to dev (hw4)