glydb

The goal of glydb is to provide a comprehensive database of glycan structures, including common glycan structures and their modifications. The database is updated periodically and is used by the glycoverse ecosystem. Only fully defined glycan structures are included.

Installation

You can install the latest release of glydb from r-universe (recommended):

# install.packages("pak")
pak::repo_add(glycoverse = "https://glycoverse.r-universe.dev")
pak::pkg_install("glydb")

Or from GitHub:

pak::pkg_install("glycoverse/glydb@*release")

Or install the development version (NOT recommended):

pak::pkg_install("glycoverse/glydb")

Example

Get all data from glydb:

library(glydb)
#> 载入需要的程序包：glyrepr
#> Warning: 程序包'glyrepr'是用R版本4.5.2 来建造的
glydb_data
#> # A tibble: 7,074 × 5
#>    glytoucan_ac glycan_structure          glycan_composition species glycan_type
#>    <chr>        <struct>                  <comp>             <chr>   <fct>      
#>  1 G00024MO     Glc(b1-3)Glc(b1-3)Glc(b1- Glc(3)             Saccha… O-Glc      
#>  2 G00025MO     Glc(b1-4)Glc(b1-4)Glc(b1… Glc(4)             <NA>    O-Glc      
#>  3 G00027MO     Man(a1-3)[Man(a1-6)]Man(… Man(3)GlcNAc(1)    Mus mu… O-GlcNAc   
#>  4 G00030VN     Fuc(a1-2)[GalNAc(a1-3)]G… Gal(1)GlcNAc(1)Ga… Bos ta… O-GalNAc   
#>  5 G00031MO     Gal(b1-3)GalNAc(a1-       Gal(1)GalNAc(1)    Bos ta… O-GalNAc   
#>  6 G00033MO     Gal(b1-3)[GlcNAc(b1-6)]G… Gal(1)GlcNAc(1)Ga… Bos ta… O-GalNAc   
#>  7 G00035MO     GlcNAc(b1-3)GalNAc(a1-    GlcNAc(1)GalNAc(1) Bos ta… O-GalNAc   
#>  8 G00037MO     GlcNAc(b1-3)[GlcNAc(b1-6… GlcNAc(2)GalNAc(1) Bos ta… O-GalNAc   
#>  9 G00039MO     GalNAc(a1-3)GalNAc(a1-    GalNAc(2)          Bos ta… O-GalNAc   
#> 10 G00041MO     GlcNAc(b1-6)GalNAc(a1-    GlcNAc(1)GalNAc(1) Bos ta… O-GalNAc   
#> # ℹ 7,064 more rows

Or use the getter functions to get specific data:

glydb_compositions(mono_type = "generic")
#> <glycan_composition[652]>
#> [1] Hex(3)
#> [2] Hex(4)
#> [3] Hex(3)HexNAc(1)
#> [4] Hex(1)HexNAc(3)dHex(1)NeuGc(1)
#> [5] Hex(1)HexNAc(1)
#> [6] Hex(1)HexNAc(2)
#> [7] HexNAc(2)
#> [8] HexNAc(3)
#> [9] Hex(1)HexNAc(1)dHex(2)
#> [10] Hex(3)HexNAc(1)dHex(1)
#> ... (642 more not shown)

glydb_structures(structure_level = "topological", species = "Homo sapiens", glycan_type = "N")
#> <glycan_structure[289]>
#> [1] GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [2] Gal(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-?)Man(??-?)Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [3] Man(??-?)Man(??-?)Man(??-?)[Man(??-?)Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> [4] Man(??-?)Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [5] Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> [6] GlcNAc(??-?)Man(??-?)Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> [7] GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)][GlcNAc(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [8] Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [9] Man(??-?)Man(??-?)[Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> [10] Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Man(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> ... (279 more not shown)
#> # Unique structures: 289