Hw14 #3
Hw14 #3
Conversation
IvanKozlov98
left a comment
IvanKozlov98
left a comment
There was a problem hiding this comment.
Фильтратор: 3/5 (на тестовом примере не сработал)
Биол. последовательности: 14/19
Штраф за отсутствие pr после дедлайна: -2
Таким образом, 15 баллов за эту часть.
|
|
||
| write_filtered_sequences_to_fastq(filtered_seq, unfiltered_seq, new_file_name) | ||
|
|
||
| return ('Sequences are filtered!') |
There was a problem hiding this comment.
не соответствует типу в декларации функции
| if quality_threshold > 40: | ||
| raise ValueError(f'Wrong quality threshold!') | ||
|
|
||
| records = list(SeqIO.parse(input_path, "fastq")) |
There was a problem hiding this comment.
Это будет работать только с небольшими fastq-файлами.
Представьте, что вам попался файл-метагенома и нужно сделать фильтрацию.
Если переписывать все данные в питоновский объект -- программа лопнет :)
В данном случае это просто не нужно: читаете очередную запись, узнаем ок/(не ок), если ок - записываем её в выходной файл и приступаем к следующей записи.
| filtered_seq = {record_id: str(record.seq) for record_id, record in filtered_by_quality.items()} | ||
| unfiltered_seq = {record.id: str(record.seq) for record in records if record.id not in filtered_seq} | ||
|
|
||
| if filtered_file_name == None: |
There was a problem hiding this comment.
Принято писать if filtered_file_name is None
| filtered_by_gc = analyse_gc(records, min_gc, max_gc) | ||
|
|
||
| filtered_by_length = filter_by_length(filtered_by_gc.values(), min_length, max_length) | ||
|
|
||
| filtered_by_quality = filter_by_quality(filtered_by_length.values(), quality_threshold) |
There was a problem hiding this comment.
неудачный подбор имён: filtered_by_quality -- на самом деле filtered по 3 признакам, а не по одному
| for key, value in unfiltered_sequences.items(): | ||
| records_unfiltered = [] | ||
| sequence = Seq(value) | ||
| record = SeqRecord(sequence, id=key, description="") | ||
| records_unfiltered.append(record) | ||
| SeqIO.write(records_unfiltered, output_handle, "fasta") |
There was a problem hiding this comment.
повторяющейся код
Не бойтесь писать небольшие функции внутри функций, чтобы избегать такого
| self.dna_alphabet = set('AaTtGgCc') | ||
| self.rna_alphabet = set('AaUuGgCc') |
There was a problem hiding this comment.
Классы должны быть независимы друг от друга.
Зачем NucleicAcidSequnce алфавит ДНК или РНК.
NucleicAcidSequnce может иметь свой собственный алфавит (какой?)
Представьте, что вы захотите использовать NucleicAcidSequnce вообще в другой задаче -- зачем там алфавиты ДНК или РНК ?)
| if (set(self.seq).issubset(self.dna_alphabet) and isinstance(self, DNASequence)) or (set(self.seq).issubset(self.rna_alphabet) and isinstance(self, RNASequence)): | ||
| return True |
There was a problem hiding this comment.
Именно так в задании написано не делать :)
При вызове dna.complement() или условного dna.check_alphabet() должны будут вызываться соответствующие методы из NucleicAcidSequence. Иначе говоря - полиморфизм.
Если заметить, то is_valid_alphabet и complement имеют схожую реализацию. Разница состоит только в разных значениях complement_dict для каждого класса. То есть предполагается некоторое общее, абстрактное решение в базовом классе, которое будет опираться на конкретные, определенные в классах поля (или методы).
Небольшой пример :)
вы определили абстрактный метод foo в базовом классе A следующим образом.
class A:
...
def foo(self):
return self.get_t() + self.calc_b()
тогда, если объект класса-наследника B, наследует этот метод, то чтобы он работал как нужно - следует определить методы get_t и calc_b
class B(A):
...
def get_t(self):
# specific implementation for 'B' objects
def calc_b(self):
# specific implementation for 'B' objects
При этом объекты другого класса-наследника C могут иметь другую реализацию методов get_t и calc_b .
class C(A):
...
def get_t(self):
# specific implementation for 'C' objects
def calc_b(self):
# specific implementation for 'C' objects
В итоге, объекты B и C имеют одинаковые по структуре, но немного разные по смыслу метод foo (поскольку опираются на разные конкретные методы get_t и calc_b)
Чтобы почувствовать полиморфизм, постарайтесь доделать это задание :)
| :rtype: str | ||
| :return: complement sequence | ||
| """ | ||
| if self.is_alphabet_correct(): |
There was a problem hiding this comment.
чтобы избавиться от ненужной вложености обычно делают так
if not self.is_alphabet_correct():
return
# other code...
| :return: complement sequence | ||
| """ | ||
| if self.is_alphabet_correct(): | ||
| complement_seq = str() |
| if self.seq[i] in self.complement_dict: | ||
| complement_seq += (self.complement_dict[self[i]]) |
2 participants
No description provided.